В монастыре в 2017 году проводятся беспрецедентные по масштабам реставрационные работы. Они стали возможны благодаря помощи московского Правительства и мэра столицы Сергея Собянина.
«Воссоздана одна из вертикальных доминант ансамбля монастыря. Это безусловно является ценнейшим событием с точки зрения градостроительной композиции исторического центра города Ярославля. Дело в том что исторически ряд вертикальных доминант является базовыми ориентирами в пространстве города, – отметил главный архитектор области Михаил Кудряшов. – В ближайшие дни также будет установлен купол Алексиевского придела храма Кирилла и Афанасия. Три оставшихся купола Спасо-Пробоинского храма будут установлены на алтарной части в 2018 году».
Всего изготовлено 11 куполов. Все они воссозданы по сохранившимся чертежам, сохранен их исторический облик. Изготовление куполов было поручено фирме «Энергомаш» из Волгодонска, которая имеет богатый опыт изготовления и установки куполов на храмы в России и за рубежом.
В начале сентября на Спасо-Пробоинский храм монастыря установили пять куполов. Средства на изготовление поступили в регион благодаря соглашению с Правительством Москвы, подписанному Дмитрием Мироновым и мэром столицы Сергеем Собяниным. В рамках этого документа на реконструкцию исторического центра Ярославля было выделено 600 миллионов рублей. Часть средств пошла на восстановление Кирилло-Афанасиевского монастыря.
Единственный мужской монастырь в Ярославля, заложенный Мининым и Пожарским, стоял обезглавленный более 80 лет, с 1936 года. В XX веке были разрушены главы церквей, разобраны колокольни, в храмах разместили производственные мастерские. Монастырское имущество было реквизировано. В 2008 году храмы Кирилло-Афанасиевского монастыря были возвращены Ярославской епархии.
В комплекс реставрационных работ на территории монастыря также входит восстановление фасадов обители, восточного периметра стены. На все работы выделено без порядка 90 миллионов рублей.